Từ năm 1900, sự áp lực phản kháng của người bản xứ có phần lắng xuống, chính quyền thực dân tách dần một số vùng thuộc quản hạt của các đạo quan binh để thành lập chính quyền dân sự hàng tỉnh như năm 1905, tỉnh Lạng Sơn được tái lập, tách khỏi đạo quan binh số 1 để lập chính quyền dân sự. Cũng trong đó, vùng Móng Cái trả lại cho tỉnh Quảng Yên. Vì vậy, từ ngày 1 tháng 1 năm 1906, Toàn quyền Đông Dương ra quyết định: "các Đạo quan binh 2, 3 và 4 được đặt lại, về phương diện tài chính dưới quyền của Thống sứ Bắc Kỳ và được cai trị theo luật lệ hiện hành tại các tỉnh dân sự. Việc cai trị các Đạo quan binh 2, 3 và 4 vẫn đặt dưới quyền một sĩ quan cao cấp cấp đại tá hoặc trung tá. Mỗi đạo quan binh được phân thành 2 hạt. Việc chia thành khu vực bị bãi bỏ".

Nghị định của Toàn quyền Đông Dương ngày 16 tháng 4 năm 1908 xác nhận chính thức, đạo quan binh được coi tương đương cấp tỉnh, có quyền hành chính, tư pháp ngang với công sứ các tỉnh dân sự Bắc Kỳ. Tổ chức của các đạo quan binh chia thành các đơn vị hành chính và tư pháp ngang với công sứ các tỉnh dân sự. Về quân sự, các đạo quan binh chịu sự chỉ đạo của Tổng chỉ huy quân đội Pháp ở Bắc Kỳ. Đạo quan binh cũng chia thành các đơn vị hành chính như các tỉnh dân sự.[2]

Đầu thập niên 1910, phong trào phản kháng của dân bản xứ bùng nổ trở lại, ngày 16 tháng 1 năm 1915, tỉnh Lai Châu, vốn được thành lập năm 1909, được chuyển sang chế độ quân sự thuộc quản hạt của Đạo quan binh 4. Đến ngày 21 tháng 1 năm 1915, Toàn quyền Đông Dương đã ra quyết định điều chỉnh địa giới cai quản và chỉ huy sở của các đạo quan binh. Theo đó:

1. Đạo quan binh I (Hải Ninh), thủ phủ đặt tại Móng Cái.
2. Đạo quan binh II (Cao Bằng), thủ phủ đặt tại Cao Bằng
3. Đạo quan binh III (Hà Giang), thủ phủ đặt tại Hà Giang
4. Đạo quan binh IV (Lai Châu), thủ phủ đặt tại Lai Châu

Tổ chức đạo quan binh tại vùng biên giới phía Bắc của chính quyền thực dân Pháp tại Bắc Kỳ tồn tại cho đến khi Nhật đảo chính lật đổ Pháp ngày 9 tháng 3 năm 1945 thì tan rã hoàn toàn.